Os Pain já são cadáveres. Já estão mortos, só estão a ser controlados pelo Nagato através de receptores de chakra (aqueles piercings negros). O Nagato força o Naruto a soltar a Kyuubi quando mata a Hinata em frente a ele. O Naruto chega às 8 caudas, vai soltar o selo mas o Yondaime (parte do seu chakra está dentro do selo) impede-o. Quando volta ao normal, o Naruto derrota o Pain Tendo (Yahiko) com um Rasengan, mas, antes, detecta a posição do Nagato através dos receptores de chakra e usando o Sennin Mode.
No final, o Naruto vai ter com o Nagato e com a Konan e tem uma longa conversa com o primeiro. O Nagato explica o que fez, porque o fez e conta a sua história de vida, incluindo o suicídio do Yahiko pelo bem da Konan. No final, o Naruto convence o Nagato de que o caminho que ele tomou não é o correcto e promete-lhe que fará tudo para cumprir o sonho dele e do Jiraya (recorre ao livro do Jiraya que, supostamente, foi baseado nas palavras do Nagato quando este ainda era miúdo - "Só quero proteger os meus amigos").
O Nagato utiliza uma técnica em que restaura a alma daqueles que matou em Konoha (ou seja, o Jiraya fica morto mas o Kakashi volta à vida) e morre no processo. A Konan diz que vai abandonar a Akatsuki e que, como parte dos líderes da vila da chuva (não sei bem se é a da chuva), Konoha pode contar com o seu apoio.
E é assim que acaba a saga do Pain/Nagato.